賃金から社員への貸付金を控除することはできますか？

できます。
（但し、賃金の一部控除に関する協定を締結する必要があります。）

労働基準法第２４条第１項本文は、
「賃金は、通貨で、直接労働者に、
その全額を支払わなければならない」

と規程しています。

「全額を支払わなければならない」というのは、
賃金の一部を差し引いて支払ってはならないという意味であり、
貸付金を賃金から控除したりすることを
原則として禁止しているものです。


しかし、
あらゆる場合について控除を認めないのは、
かえって実情に沿わないので同項ただし書きで、

「法令に別段の定めがある場合又は
当該事業所の労働者の過半数で
組織する労働組合があるときはその労働組合、
労働者の過半数で組織する労働組合がないときは
労働者の過半数を代表する者との書面による協定がある
場合においては、賃金の一部を控除して支払うことができる。」

と定めています。

賃金から控除が認められるのは、
○法令に別段の定めがある場合

○賃金の一部控除に関する労使協定がある場合

の２つの場合です。

「法令」には、
所得税法、地方税法、健康保険法、
厚生年金保険法、雇用保険法等があり、
所得税、住民税、各種の社会保険料については
これによって控除が認められているわけです。


賃金の一部控除に関する労使協定」は、
購買代金、社宅、寮その他福利厚生施設の費用、
労働組合費等について賃金から控除する旨を
労使間で書面協定をした場合には、

その協定で定める控除項目について
その協定で定める方法
によって控除することができるというものです。

したがって、
税金、社会保険料についてはともかく、
社宅量、生命保険料、貸付金返済金等については、
就業規則や賃金規則に定めただけではだめで、
労働組合又は労働者代表と書面による
賃金の一部控除に関する協定を結ばなければ
控除することができません。

但し、この協定は所轄労働基準監督署に届け出る必要はありません。