間違って賃金を払いすぎた時その後の賃金から差し引くことができますか

できます。
過払いのあったときは、
その後の賃金から黙って一方的に
差し引くというようなことをせずに、

まず間違って払い過ぎたことを説明して返還を求めるとか
差し引く場合にも前もって予告をするとかして、
トラブルの起きないような措置をとっておくことが必要でしょう

労使協定を結んでおくことがもっとも無難な方法といえます。