水曜日に欠勤して、土曜日に出勤したとき割増賃金を支払わなければなりませんか。

支払う必要はありません。
同じ週の中で欠勤等実際に労働しない時間があった場合、
土曜日の労働によって実際の労働時間は４０時間を超えません。

労働基準法に定める時間は、
実労働時間主義をとっており、

週休２日制による２日の休日のうち１日の休日に
労働させても他の日の欠勤等により

その週の労働時間が
４０時間を超えない場合は労働基準法上の
時間外労働にはなりません。