年次有給休暇をとった場合、皆勤手当を支払わなくてもいいでしょうか

支払うのが望ましいです。

労働基準法に
「使用者は、第３９条第１項から第３項までの規定による
有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額そのほか
不利益な取扱をしないようにしなければならない。」

という規定があります。

この規定の
「賃金の減額その他不利益な取り扱い」には、
精皆勤手当等の算定に当って年次有給休暇を取得した日を
欠勤又は欠勤に準じて取り扱うことや、

その他年次有給休暇の取得を抑制するような
不利益な取り扱いが含まれるとされています


この労働基準法附則第１３６条の規定は訓示規定であり、
労働基準法のほかの大部分の規定と違って罰則はありません。

すなわち、この規定に違反しても処罰されることはありません。
しかし、使用者としては、できる限り、
この規定を守るようにしなければなりません。