年次有給休暇の日は通勤費を支払わなくてもいいでしょうか

基準が明確でしたら払わなくても大丈夫です。
労働基準法附則第１３４条は
「使用者は、第３９条第１項から第３項までの規定による
　有給休暇を取得した労働者に対して、　賃金の減額その他不利益な
　取扱をしないようにしなければならない」

としていますので、

年次有給休暇を取得したことにより
精皆勤手当や賞与などを減額もしくは
不支給とすることは許されません。


ただし、通勤費につきましては、
本来実費弁償的な性格のものですので
必ずしも年次有給休暇を取得した日について
支払わなくてはならないということにはなりません。


年次有給休暇を取得した日について
通勤手当が支払われなかったとしても、

年次有給休暇を取ったために不利益を被ったと
見るべきではなく実際に通勤費がかかっていないのですから、

このような実質保証もしくは実費弁償的な性格の手当である以上
やむを得ないと考えられます。


ただし、この場合は実際に出勤した日についてのみ支給するとする旨の
支給基準が、あらかじめ明確にされていなければなりません。