健康診断の結果に基く休職命令で、休職させた場合休業手当を支払わなければなりませんか

医師の診断に基くものであり
支払う必要はありません。

労働者の怪我や病気に対しては、
休職という制度を就業規則や労働協約で定めているのが一般的です。

なお、健康診断の結果により、就業制限を行う場合には、
あらかじめ当該労働者の意見を聞き、十分な話合を通じ、
その労働者の了解を得るように努めるなど、

十分な配慮を行うことが必要であるとされています。