３６協定の時間数は厚生労働大臣の示す限度時間を必ず守らなければなりませんか？

改正法施行後も
特別条項付き協定を締結すれば可能です。

特別条項付き協定については、
平成１１年の法改正に伴い示された厚生労働大臣が定める
時間外労働の上限基準において、あらかじめ３６協定において、
時間外労働の上限時間を定め、

かつ、

上限時間を超えて労働時間を延長しなければならない
特別の事情が生じた場合に限って、その定めた手続きに従って、

上限時間を超える一定の時間まで労働時間を延長できる
旨を定めた場合は、この協定により、

その一定の時間までは上限時間を超えて
労働時間を延長できるとされています。

従ってこの手続きをとれば特別の事情が生じた場合に限り、
特別条項付き協定により、上限基準を超えて
時間外労働を行わせることが可能となります。

なお、
平成１６年４月１日からは
「特別の事情」は「臨時的なものに限る」とされています。