残業時間を３０分単位で処理、３０分未満を切り捨ててよいのでしょうか？

月の合計で３０分以上を切り上げていれば可能になります。

この方法は、月ごとの合計で時間時間外労働時間を出す
場合についてのみ適用されるものですから、

一日ごとの時間外労働を３０分単位で切り上げたり、
切り捨てたりすることはできません。